Επιστροφή μέρους του φόρου μεταβίβασης ακινήτων δικαιούνται όσοι φορολογήθηκαν με βάση τις παλαιές αντικειμενικές αξίες που ήταν υψηλότερες σε σύγκριση με τις νέες, μετά και την αναδρομική αναπροσαρμογή των τιμών του συστήματος αντικειμενικού προσδιορισμού ακινήτων.
Οι επιστροφές εφαρμόζονται σε περιπτώσεις μετά την «αναδρομική αναπροσαρμογή των αντικειμενικών αξιών και καταλαμβάνει υποθέσεις που αφορούν θανάτους, που έχουν συμβεί, και συμβόλαια μεταβίβασης ακινήτων από οποιαδήποτε αιτία, που έχουν συνταχθεί από 21.5.2015 και εφεξής, καθώς και υποθέσεις φορολογίας κληρονομιών, δωρεών και γονικών παροχών με χρόνο θανάτου ή σύνταξης του συμβολαίου πριν από τις 21.5.2015, αλλά στις οποίες η φορολογική υποχρέωση γεννήθηκε από 21.5.2015».
Σύμφωνα με εγκύκλιο της Γενικής Γραμματείας Δημοσίων Εσόδων, «σε περίπτωση που η μεταβολή της φορολογητέας ύλης γεννά αξίωση για επιστροφή του φόρου εφαρμόζονται οι διατάξεις του άρθρου 42 του ΚΦΔ, σύμφωνα με το οποίο η Φορολογική Διοίκηση, αφού συμψηφίσει τους οφειλόμενους από το φορολογούμενο φόρους με το ποσόν προς επιστροφή, προβαίνει στην επιστροφή της τυχόν προκύπτουσας διαφοράς, η οποία καταβάλλεται κατά κανόνα στο φορολογούμενο εντός ενενήντα (90) ημερών από την υποβολή της τροποποιητικής δήλωσης».
Επίσης στην ίδια εγκύκλιο επισημαίνεται ότι «για τις τροποποιητικές δηλώσεις που υποβάλλονται σε εφαρμογή των οριζομένων στην ΠΟΛ. 1009/2016 δεν επιβάλλονται τα πρόστιμα του άρθρου 54 του ΚΦΔ, δεδομένου ότι ο φορολογούμενος δεν έχει διαπράξει παράβαση κατά την υποβολή της αρχικής δήλωσης, αφού υπέβαλε αυτή με βάση τα ισχύοντα κατά το χρόνο φορολογίας, προβαίνει δε σε υποβολή τροποποιητικής δήλωσης όχι από υπαιτιότητά του (λανθασμένη εφαρμογή των φορολογικών διατάξεων ή παράλειψη κ.λπ.) αλλά κατ’ εφαρμογή της νομοθεσίας, δηλαδή λόγω της αναδρομικής αναπροσαρμογής των τιμών του συστήματος αντικειμενικού προσδιορισμού της αξίας ακινήτων σε εκτέλεση της απόφασης του ΣτΕ».
