Η περιβόητη αρχαιολογική συλλογή Μητσοτάκη που προκάλεσε πολιτική θύελλα όταν αποκαλύφθηκε γιατί πολλά από τα αντικείμενα που την απαρτίζουν αποτελούσαν δώρα (αγνώστου προέλευσης) πολιτικών φίλων του Κωνσταντίνου Μητσοτάκη την περίοδο της πρωθυπουργίας του, εκτίθεται για πρώτη φορά ολόκληρη (περισσότερα από 1.000 αντικείμενα) στο νέο αρχαιολογικό μουσείο των Χανίων στη Χαλέπα.

Ο πατήρ Μητσοτάκης αφού φρόντισε να μελετηθεί και να δημοσιευθεί η συλλογή του από έγκριτη αρχαιολόγο την δώρισε (πλην ελαχίστων κομματιών) στο μουσείο Χανίων. Ετσι, από αύριο Σάββατο ανοίγει τις πύλες του το μουσείο στο κοινό για το Καθολικό Πάσχα και τους επισκέπτες του νησιού ενώ τα επίσημα εγκαίνια θα γίνουν αργότερα. Ωστόσο αναμένεται σήμερα να ξεναγηθεί στους χώρους του ο πρωθυπουργός Κυριάκος Μητσοτάκης.

Πάνε πάνω από τρεις δεκαετίες που το μουσείο Χανίων είχε κάνει φανερή την ανάγκη επέκτασής του καθώς ασφυκτιούσε στο παλιό κτήριο.

Το  κτήριο του Νέου Αρχαιολογικού Μουσείου εμβαδού 6.000 τ. μ. ολοκληρώθηκε με χρηματοδότηση από το ΕΣΠΑ  Περιφερειακού Επιχειρησιακού Προγράμματος Κρήτης (2007-2013). Ακολούθησε νέο ΕΣΠΑ (2014-2020) για την οργάνωση της έκθεσης και τον λοιπό εξοπλισμό (3.300.00 ευρώ).
Η παρουσίαση των εκθεμάτων γίνεται με χρονολογική σειρά ξεκινώντας από τους

προϊστορικούς οικισμούς και τις πόλεις των ιστορικών χρόνων της περιφερειακής ενότητας των Χανίων και διαρθρώνεται σε πέντε θεματικούς άξονες. Περιλαμβάνει πολλά εκθέματα που βγαίνουν για πρώτη φορά από τις αποθήκες. Με την χρήση ψηφιακών μέσων η έκθεση γίνεται περισσότερο κατανοητή και ελκυστική στους επισκέπτες της.Παρουσιάζονται πάνω από  3.500 αντικείμενα εκ των οποίων 1.000 πρωτοεμφανιζόμενα. Το κτήριο περιλαμβάνει χώρους για περιοδικές εκθέσεις, εκπαιδευτικά προγράμματα και άλλες εκδηλώσεις.

Την αρχιτεκτονική μελέτη υπογράφουν ο Θεοφάνης και ο Λουκάς Μπομπότης (Bobotis Architects) υπηρετώντας την άποψη ότι  το αρχαιολογικό μουσείο «αποτελεί το χώρο έκθεσης ευρημάτων παρελθόντος πολιτισμού, αλλά ο στόχος του μουσείου δεν πρέπει να εξαντλείται στην έκθεση των ευρημάτων, αλλά και στην παραγωγή και εξέλιξη του πολιτισμού μέσα από τη συγκεκριμένη χρήση. Η βασική ιδέα ήταν η δημιουργία ενός κτιριακού κελύφους με εσωτερικό αίθριο. Η προσαρμογή του κελύφους αυτού στο ανάγλυφο και στο σχήμα του οικοπέδου αποτέλεσε επίσης μία από τις βασικές παραμέτρους».

Η συλλογή Μητσοτάκη πέρασε στην ιδιοκτησία του Δημοσίου το 2000 και παρουσιάστηκε εν μέρει στο Μουσείο Κυκλαδικής Τέχνης. Τα αντικείμενα που εκτίθενται  τώρα είναι 1062 όλα από την Κρήτη  (μινωική κεραμική, πηλοπλαστική, λιθοτεχνία, κοσμήματα, σφραγιδογλυφία, μεταλλοτεχνία) τα οποία χρονολογούνται από το τέλος της 4ης χιλιετίας π.Χ.μέχρι τον 3ο αιώνα μ.Χ.

Το Νέο Αρχαιολογικό Μουσείο Χανίων ασφαλώς θα προσφέρει μία νέα αναπτυξιακή διάσταση και προοπτική στην πόλη των Χανίων. Είναι μία σημαντική επένδυση για τον Πολιτισμό και τον τουρισμό με ό,τι αυτό συνεπάγεται για την τοπική οικονομία.

Η πλούσια αρχαιολογική παράδοση του νομού Χανίων και το γεωμορφολογικό περιβάλλον μέσα στο οποίο αυτή διαμορφώθηκε, καθόρισαν και την παρουσίαση, ύστερα από σχετικές μελέτες της εφόρου Ελένης Παπαδοπούλου και των συνεργατών της. Βασικό χαρακτηριστικό είναι η πορεία μέσα στον χώρο και στον χρόνο από τους προϊστορικούς οικισμούς, μέχρι τις ιστορικές πόλεις της περιοχής και τους χριστιανικούς χρόνους.

Η εξιστόρηση περιλαμβάνει στοιχεία της κοινωνικής και διοικητικής οργάνωσης, της θρησκείας, της ψυχαγωγίας, του πολέμου, του εμπορίου, αλλά και της καθημερινότητας. Έπιπλα, χρηστικά σκεύη, ακόμα και είδη καλλωπισμού, αλλά και ταφικά έθιμα και κτερίσματα που συνοδεύουν τον νεκρό, παρουσιάζονται με τα εκθέματα όπως και με εποπτικά και ψηφιακά μέσα και αναπαραστάσεις.